Arrêt maladie en auto-entrepreneur : peut-on travailler, quels droits et quels risques ?
Non, travailler en auto-entrepreneur pendant un arrêt maladie est interdit, sauf autorisation explicite du médecin inscrite sur l’avis d’arrêt de travail. Cette règle vaut pour toute activité : facturer un client, répondre à des commandes, réaliser des prestations, même partiellement, même à distance. La continuer expose à la suspension immédiate des indemnités journalières (IJ) et au remboursement des sommes déjà perçues.
Ce que beaucoup d’auto-entrepreneurs ignorent, c’est que leurs IJ sont souvent bien inférieures à celles d’un salarié, et parfois nulles. Comprendre les conditions, les montants réels et les alternatives permet d’éviter deux pièges : travailler illégalement en croyant que ‘personne ne le saura’, et découvrir en plein arrêt que l’on n’a droit à rien faute d’affiliation suffisante.
L’interdiction de travailler pendant un arrêt maladie
L’article L.323-6 du Code de la Sécurité sociale pose le principe : toute activité non autorisée par le médecin prescripteur pendant un arrêt de travail entraîne la suppression des IJ et le remboursement des sommes versées à tort. Cette règle s’applique à tous les travailleurs, salariés comme indépendants.
Pour un auto-entrepreneur, ‘cesser toute activité’ signifie concrètement : ne pas facturer, ne pas livrer de prestation, ne pas répondre à des demandes clients dans le cadre de son activité. La gestion administrative minimale (consulter ses mails, vérifier une déclaration URSSAF déjà soumise) est une zone grise, mais dès qu’il y a production ou facturation, c’est une activité caractérisée.
| ⚠️ Exception : l’activité réduite autorisée médicalement Dans certains cas de rééducation ou de convalescence progressive, le médecin peut autoriser une reprise partielle d’activité et l’inscrire explicitement sur l’avis d’arrêt. Cette mention est nécessaire — elle ne peut pas être ajoutée après coup. En l’absence de cette mention, toute activité est interdite, quelle qu’en soit la nature ou la durée. |
Les droits aux indemnités journalières de l’auto-entrepreneur
Conditions d’éligibilité
Pour percevoir des IJ maladie, l’auto-entrepreneur doit remplir simultanément les conditions suivantes (sources : ameli.fr et article D622-1 du Code de la Sécurité sociale) :
- Être affilié à la SSI (Sécurité Sociale des Indépendants, rattachée au régime général depuis 2020) depuis au moins 12 mois continus
- Avoir un Revenu d’Activité Annuel Moyen (RAAM) supérieur à 4 582 € sur les 3 dernières années — en dessous, les IJ sont nulles
- Avoir cessé totalement son activité professionnelle
- Disposer d’un arrêt de travail prescrit par un médecin
| 💡 Bon à savoir — maintien de droits antérieurs Depuis 2022, si vous venez de créer votre auto-entreprise et que vous n’avez pas encore 12 mois d’affiliation, vous pouvez dans certains cas être indemnisé au titre de vos droits acquis lors d’une activité salariée antérieure, si ces droits sont plus favorables. Renseignez-vous auprès de votre CPAM. |
Calcul et montants des IJ 2026
La formule est fixée par l’article D622-7 du Code de la Sécurité sociale :
IJ = 1/730 × RAAM (Revenu d’Activité Annuel Moyen des 3 dernières années)
Le RAAM est calculé à partir du chiffre d’affaires après application de l’abattement forfaitaire fiscal :
Les risques en cas de travail non autorisé
Travailler pendant un arrêt maladie sans autorisation médicale expose à trois conséquences cumulables :
- Suspension immédiate des indemnités journalières dès la constatation du manquement.
- Remboursement de toutes les IJ perçues pendant la période d’activité non déclarée.
- Dans les cas les plus graves (fraude caractérisée, montants importants), des poursuites pour fraude à la Sécurité sociale peuvent être engagées.
La CPAM dispose de plusieurs moyens de contrôle : signalement du client qui reçoit une facture datée pendant l’arrêt, contrôle médical domicile, croisement avec les déclarations URSSAF. L’idée qu’une mission à distance ‘ne se voit pas’ est fausse.
Arrêt maladie en portage salarial : une protection structurellement supérieure
C’est sur ce point que Régie Portage a une position tranchée, et des chiffres pour l’étayer. En portage salarial, le consultant est salarié de la société de portage. En cas d’arrêt maladie, ses indemnités journalières sont calculées sur la base de son salaire brut — pas d’un RAAM diminué par des abattements de 34 à 71 %. Un consultant porté avec un salaire brut de 4 000 €/mois percevra ~66 €/jour d’IJ (50 % du salaire journalier de base), soit déjà le plafond de l’auto-entrepreneur — mais sur une assiette non abattue.
De plus, en portage salarial, le maintien de salaire conventionnel peut compléter les IJ pendant les 90 premiers jours selon la convention collective applicable. Aucun équivalent n’existe pour l’auto-entrepreneur, dont les IJ restent plafonnées à 65,84 €/j brut quoi qu’il arrive. Pour un consultant qui facture 800 €/jour HT, c’est une perte de revenu de plus de 90 % dès le premier jour d’arrêt.
Le comparatif des statuts freelance de Régie Portage détaille ce point sur la protection sociale, et notre simulateur de revenus permet d’estimer la différence de couverture selon votre TJM et votre statut.
FAQ — Questions fréquentes
| Q — Peut-on gérer administrativement son auto-entreprise pendant un arrêt maladie ? La gestion administrative stricte (consulter son espace URSSAF, vérifier une déclaration de CA déjà envoyée) n’est pas considérée comme une activité professionnelle. En revanche, émettre une facture, livrer un travail, répondre à une commande ou réaliser une prestation même courte constitue une activité et est interdit. |
| Q — Que se passe-t-il si mon CA déclaré à l’URSSAF montre une activité pendant l’arrêt ? Si vous déclarez du chiffre d’affaires à l’URSSAF pour un mois où vous étiez en arrêt maladie, la CPAM peut recouper cette information et suspendre vos IJ rétroactivement, avec demande de remboursement. La déclaration URSSAF est mensuelle ou trimestrielle — elle est consultable par les organismes sociaux. |
| Q — L’auto-entrepreneur a-t-il droit à des IJ en cas d’accident du travail ? Non, pas via le régime obligatoire. Les cotisations sociales de l’auto-entrepreneur n’incluent pas la couverture AT/MP (accidents du travail et maladies professionnelles). Un accident survenu dans le cadre de l’activité ne déclenche donc pas d’IJ spécifiques AT — sauf si l’auto-entrepreneur a souscrit une assurance volontaire individuelle pour ce risque. |
| Q — Le portage salarial donne-t-il plus de droits en cas d’arrêt maladie ? Oui, structurellement. En portage salarial, les IJ sont calculées sur le salaire brut (sans abattement), avec un maintien de salaire conventionnel possible selon la convention collective. Le consultant porté bénéficie de la même protection qu’un cadre salarié classique — ce qui est fondamentalement différent du régime SSI de l’auto-entrepreneur, plafonné à 65,84 €/j. |